메타게놈 실험 및 분석법 Ⅰ (Amplicon sequencing)​​​

• 시료에서 DNA를 추출한 후 이를 이용하여 16S rRNA amplicon 분석에 대한 실습을 진행
   

• 16S rRNA amplicon sequencing을 위한 메타게놈 DNA 추출과 amplication 및 prep 등에
  대한 실습
   

• 16S rRNA amplicon sequencing 데이터를 이용한 quality control, OTU clustering 및 ASV denoising, taxonomy classification, phylogenetic analysis 및 diversity 분석에 대한 실습

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메타게놈 실험 및 분석법 Ⅱ (Whole metagenome)​

• 시료에서 DNA 추출 및 whole metagenome 분석에 대한 실습을 진행
   

• Whole metagenome shotgun sequencing을 위한 메타게놈 DNA 추출, DNA fragmentation 및 
  whole metagenome ​library 제작에 대한 실습
   

• Whole metagenome shotgun sequencing에서 생성된 raw sequence data를 이용한 quality control, merging, host gene removal, taxonomy and functional feature identification
  분석에 대한 실습

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메타전사체 실험 및 분석법 (Metatranscriptome)

• 시료에서 total RNA를 추출하고, 이를 이용하여 metatranscritome 분석을 위한 실험 및 분석 과정에
  대한 실습
   

• Metatranscriptome sequencing을 위한 mRNA enrichment, cDNA library 제작에 대한 실습
   

• Metatranscriptome sequencing 데이터를 이용한 quality control, rRNA removal, mRNA
  annotation 분석에 대한 실습

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대사체 실험 및 분석법 (Metabolome)

• 마이크로바이옴 유래 비표적 대사체 분석에 대하여 ​분변 대사체 추출 및 reconstitution에 대한
  이론적 교육 및 실습
   

• 고해상도-액체크로마토그래피 질량분석시 (UPLC-Orbitrap MS) 기반의 비표적 대사체 분석법의 이론 교육 및 실습 
   

• 비표적 대사체 데이터 분석법에 대한 대사체 annotation, missing value imputation, alignment 및 identification tool에 대한 실습
   

• QC sample을 통한 분석 적합성 판단 및 다양한 통계분석에 대한 실습

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단백체 실험 및 분석법 (Proteome)

• 마이크로바이옴 시료의 단백질 추출 및 정제, 효소 (protease) 처리, 질량 분석기 사용에 관한
  교육 및 실습
   

• MASCOT, proteome discoverer와 같은 분석 소프트웨어를 활용한 질량 분석, 스펙트럼 데이터 처리 (분석 조건 설정, 데이터베이스 선택, 정량 분석 등)에 대한 실습
   

• 생물학적 해석을 위한 단백질-단백질 상호작용, 대사 경로, 질병과의 연관성 등을 분석할 수 있는
  소프트웨어에 대한 교육 및 실습

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